民鉄など私鉄各社は、JRとの連絡通学定期券を購入した中高生から、運賃を取り過ぎていたことを相次いで発表した。
発売窓口の係員の人為的ミスが原因。中学生や高校生に対し、JR区間を一般（大学生）の通学運賃で発売していた。
私鉄などの通学定期では「小児」と「大人」の2つの運賃区分しかないが、JRでは大人の通学定期をさらに区分し中学生・高校生・大学生と3つに分け、異なる割引率を適用している。
各新聞によると、窓口の係員がJRとの連絡通学定期券を発券する場合、自社線の区分（小学生または大人学生）に続けてJRでの区分（小・中・高・大学生）を機械で選択する必要があるが、JRの区分の選択を省略すると、自動的に「大学生」の運賃で計算されるという。
このミスはまず首都圏の私鉄5社などで発覚。国土交通省はJR各社との連絡定期券を発売している全国92事業者に対し緊急調査を指示し、他の私鉄各社でも判明した。
