JR北海道は13日、北海道新幹線の新青森～新函館北斗間の開業に先だち、同新幹線の特急料金の上限について、国土交通大臣に認可申請した。また、東北・北海道新幹線の直通列車の特急料金についても明らかにした。
JR北海道が発表した北海道新幹線の料金は、同社が13日に国土交通大臣に認可申請したもの。特急料金は、大人普通車指定席（通常期）で、新青森～新函館北斗間が4450円など。新青森～新函館北斗間の隣り合う駅間では、認可後の届出で特定特急料金を設定し、区間により1310円または1490円とする。東北・北海道新幹線の直通列車の料金は、山陽・九州新幹線の直通列車同様、営業キロの通算は行わず、東北新幹線区間の料金と北海道新幹線区間の料金とをそれぞれ足し合わせ、座席指定料金（通常期520円）を全区間で1席分として調整する計算方式をとる。なお、七戸十和田駅と北海道新幹線の新駅相互間、奥津軽いまべつ駅と東北新幹線七戸十和田駅以南の各駅相互間についての指定席料金は、各新幹線区間の立席・特定特急料金を適用し、座席指定料金1席分を合算する形で、割り引く。北海道新幹線でも、シーズン別の特急料金として、「通常期」、「閑散期」、「繁忙期」を採用する。
運賃と合わせた金額（通常期）は、新青森～新函館北斗間が7260円、東京～新函館北斗間が「はやぶさ」利用で、2万2690円。東京～函館間は、東北新幹線「はやぶさ」と在来線特急を乗り継いだ場合、普通車指定席が2万200円のため、現行より2000円以上高くなる。
